L'addio alla Ducati
Il 2009, per la
sua quarta stagione in MotoGP, Stoner incomincia, sempre in sella alla Ducati, con la vittoria in Qatar per il terzo anno consecutivo. Anche quest’anno Stoner non riesce ad imporsi come nel 2007 e dopo qualche piazzamento che gli permette di essere vicino alla leadership del campionato riesce a conquistare la vittoria nel GP d’Italia, al Mugello. Una vittoria importante per l’australiano, ma anche per il team italiano. Erano sette anni di fila che vinceva Valentino Rossi e Casey ha spezzato questo connubio, grazie anche al maltempo e al flat-to-flag. Nel gran premi successivi Casey accusa un malore allo stomaco, che lo fa arrivare comunque a termine delle gare ma l’australiano non si sente bene. Il suo team manager,
Livio Suppo, conferma l’assenza di Casey per diversi gran premi (Repubblica Ceca, Indianapolis e San Marino) per risolvere i problemi legati allo stomaco e alla stanchezza fisica. Dopo tre gare di stop l'australiano torna per il Gran Premio del Portogallo, dove riesce a conquistare il secondo posto e, come di consueto, vince il gran premio di casa sul circuito di Phillip Island, riuscendo a ripetersi in Malesia. Chiude la stagione al quarto posto con 209 punti.
Il
2010 per Stoner comincia male con la gara del Qatar che solitamente vince ma in gara, dopo aver essere partito in pole position, cade mentre si trova in testa. A Jerez, il GP di Spagna, chiude al quinto posto preceduto dal suo nuovo compagno di squadra
Nicky Hayden. In Francia, a Le Mans, scivola di nuovo per problemi all'anteriore. L’australiano torna alla vittoria ad Aragon, Giappone e Australia ottiene due secondi posti (Stati Uniti e Valencia) e quattro medaglie di bronzo in Olanda, Catalogna, Germania e Repubblica Ceca. Chiude un’annata sfortunata e poco produttiva al quarto posto con 225 punti. Il 9 luglio 2010 un comunicato ufficiale della Ducati annuncia che Casey Stoner con l'ultima gara del campionato 2010, svoltasi a Valencia, si concluderà la collaborazione con il pilota australiano che
passerà alla Honda (questo, ovviamente, viene omesso nel comunicato della casa bolognese) la quale comunica l’ingaggio dello stesso pilota nello stesso giorno.
Nel
2011 in sella alla Honda riprende dove aveva lasciato: pole e vittoria a Losail, in Qatar. In Spagna si ritira dopo una caduta. In Portogallo conquista la pole, ma in gara chiude solo al terzo posto. Si riprende la vittoria nel gran premio di Francia e poi arriva di nuovo davanti a tutti a Barcellona e di Silverstone. Sul circuito di Assen chiude secondo, dietro a Ben Spies. Dopo due terzi posti, in Italia al Mugello e in Germania al Sachsenring, torna alla vittoria in tre gare consecutive: Stati Uniti, Repubblica Ceca e Indianapolis. A Misano Adriatico Stoner chiude al terzo posto, mentre ad Aragon vince dopo essere partito dalla pole position. Stoner ha tra le mani il suo secondo mondiale e in Giappone va di nuovo a podio, aspettando il suo 26º compleanno, in Australia, dove vince il gran premio e conquista la classifica della MotoGP con 350 punti totali.
Nel 2012 non vince, ed è una notizia, in Qatar. Chiude al terzo posto per via di alcuni fastidi all'avambraccio. L’australiano torna a vincere nella successiva gara, in Spagna, a Jerez de la Frontera, ottenendo il suo primo successo in questo circuito. Per la prima volta vince anche all’Estoril, è in Portogallo. Ma dopo questi risultati, il
17 maggio del 2012 durante la conferenza stampa del Gran Premio di Francia dichiara che si
ritirerà a fine campionato. A Le Mans chiude terzo dopo una bellissima bagarre su un asfalto bagnato. Vince a Barcellona, in Catalogna, chiude secondo in Gran Bretagna e torna alla vittoria sul circuito di Assen, in Olanda. In Germania cade all'ultimo giro nel tentativo di prendere Pedrosa. Casey vince sul circuito americano di Laguna Seca davanti al maiorchino Jorge Lorenzo. A Sepang giunge al terzo posto e poi ottiene la vittoria per il sesto anno consecutivo in Australia. Chiude la sua annata al terzo posto con 254 punti.